裏切り、絶望、恐るべき真実
「戦う意味」を見失った主人公たちの前に、
今夜も「影時間」が訪れる・・・・・。
深夜0時に訪れる”影時間”と謎の塔”タルタロス”を消すため、
満月の夜ごと現われる12体の大型シャドウと
戦い続けた特別課外活動部（S.E.E.S.）。
ついに、全ての大型シャドウを倒し、
任務完遂の歓喜に沸く彼らだったが、
ほどなくして、思いがけない人物の裏切りが発覚する。
裏切り、絶望、揺らぐ絆・・・。
そしてまた、彼らの前に新たな試練が現れる！